Kelembagaan pada suatu kampus mencakup struktur organisasi utama dan unit utama pendukung operasional kampus selain akademik. Kelembagaan ini disusun sesuai dengan kebutuhan dan pengembangan perguruan tinggi, dan penetapan lembaga ini dilakukan oleh pihak-pihak terkait sesuai peraturan yayasan atau unit kampus tersebut yang berlaku.
Secara umum Politeknik Aisyiyah Pontianak memiliki 4 unit lembaga selain akademik sebagai penunjang pengembangan kampus.
LPPI adalah unit kerja di bidang perencanaan dan pengembangan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur dan pembinaannya dilakukan oleh Wakil Direktur II. LPPI dipimpin oleh seorang Kepala yang diangkat dan diberhentikan oleh Direktur setelah mendapat pertimbangan Senat Politeknik. Masa jabatan LPPI adalah 4 (empat) tahun dan dapat diangkat kembali dengan ketentuan sebanyak-banyaknya 2 (dua) kali masa jabatan berturut-turut dalam hal tertentu demi kemaslahatan Politeknik pada umumnya dan LPPI pada khususnya, Direktur dapat mengambil kebijaksanaan khusus.
Lembaga Penjaminan Mutu dibentuk atas upaya POLITA dengan tujuan mengawal kegiatan penjaminan mutu bidang akademik dan non akademik. Penjaminan Mutu dibangun oleh tiga pilar yakni pangkalan data pendidikan tinggi (PD-Dikti), sistem penjaminan mutu internal (SPMI) dan sistem penjaminan mutu eksternal (SPME) oleh BAN-PT, LAM, Lembaga akreditasi internasional. Perguruan tinggi yang bermutu adalah perguruan tinggi yang mengimplementasi SPMI dengan penetapan standar SPMI, pelaksanaan, evaluasi, pengendalian dan peningkatan standar (PPEPP). POLITA telah dan terus mengimplementasikan SPMI secara terencana dan berkelanjutan ( Continuous Quality Improvement/CQI) dan diharapkan menjadi budaya mutu bagi pengelola pendidikan tinggi.
Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) adalah unit di perguruan tinggi yang memiliki peran penting dalam mengkoordinasi dan memfasilitasi kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. LPPM bertugas mengembangkan dan mendukung kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang dilakukan oleh dosen dan mahasiswa. Ini termasuk menyediakan sumber daya, pelatihan, dan dukungan administratif untuk proyek-proyek penelitian dan pengabdian. LPPM mengadakan berbagai kegiatan seperti sosialisasi penelitian, workshop, dan pelatihan untuk meningkatkan kapasitas peneliti dan praktisi pengabdian masyarakat. LPPM juga sering menjadi jembatan antara perguruan tinggi dan masyarakat atau industri dalam penerapan hasil penelitian untuk manfaat sosial dan ekonomi.
Lembaga kerjasama dan urusan internasional di Politeknik Aisyiyah Pontianak adalah entitas yang bertanggung jawab untuk mengelola hubungan dan kerjasama antara kampus tersebut dengan lembaga, organisasi, dan institusi di tingkat internasional. Lembaga ini mungkin menyediakan layanan konsultasi untuk membantu mahasiswa dan staf dalam hal perencanaan karir internasional, pemahaman tentang studi di luar negeri, dan pengembangan keterampilan antarbudaya. Lembaga kerjasama dan urusan internasional ini sangat penting untuk memperluas cakupan dan reputasi internasional sebuah kampus serta memberikan pengalaman berharga kepada mahasiswa dan staf dalam konteks global yang semakin terintegrasi.